首页 > 财经新闻/ 正文
地址:https://www.biocyc.org/
任何研究免不了大量的搜索资料,而各种组学的数据分析都希望落到与功能相关的最终物质——代谢物或者与已有报道佐证。KEGG和GO数据库在外的介绍和教程一大摞,但是有没有一个更综合的数据库呢?
比如物种、蛋白、代谢物及各种元件信息…今天的推送就来给大家介绍一下另一个集物种基因组、通路信息及组学分析的功能数据库 BioCyc,官宣的公式如下: BioCyc = Databases + ToolsBioCyc收集提供了数千个测序生物体的基因组和代谢途径的参考。数据库具有以下特点:
人工校验数以万计的论文构建高质量的数据库(curated databases),特别是大肠杆菌, 枯草芽孢杆菌, 人类及酿酒酵母的数据库内容 。 支持计算预测的代谢途径和操纵子。 集成多个数据库数据,包括 gene essentiality,调控网络,蛋白特征和GO注释等。数据库概况
BioCyc.org is a microbial genome Web portal that combines thousands of genomes with additional information inferred by computer programs, imported from other databases and curated from the biomedical literature by biologist curators.
最新版本的BioCyc已经更新到23.5版本(2019年12月18日发布),已有25年开发维护历史。现已包含17043个PGDBs,9300余个基因组。
按照质量等级分为三个层级:
第1层:数据库至少已经接受了一年基于文献的手动管理。包括:MetaCyc:包含来自许多生物的近2500种代谢途径;
HumanCyc:包含在人类中发现的大约300种代谢途径;
EcoCyc(大肠杆菌):Escherichia coli K-12;
AraCyc(拟南芥)
YeastCyc(酿酒酵母)
LeishCyc(利什曼原虫) 第2层:经过计算预测但已接受中度人工管理的数据库(大多数采用1-4个月的管理)。第2层数据库可供对任何特定生物感兴趣的科学家进行手动管理。第2层数据库当前包含42个不同的生物数据库。 第3层:PathoLogic通过计算预测得出的数据库,并未进行过校验与更新,包含7625个 PGDBs。
注:BioCyc中的大多数微生物PGDB是通过SRI计算生成的,每6-12个月进行更新,以利用我们的途径预测算法和MetaCyc途径数据库中的改进。第二层和第三层数据库则包含了计算预测代谢通路,以及哪些基因编码代谢通路中缺少酶的预测和预测的操纵子。
PGDB同时记录的其他物种可在以下表格中获取相关信息:
结合更新频率,从引用上来看,早些年的文章引用较高,同时也有一些基于biocyc数据进一步开发的工具,说明数据库生态良好。值得一看。
网页工具
BioCyc提供了用于导航,可视化和分析基础数据库以及分析组学数据的工具:
基因组浏览器; 单个代谢途径和完整代谢图可视化; 提供单组学和多组学数据集的多种组学数据分析方法,包括Omics Dashboard,支持绘制通路图和代谢图,并提供相关表格; 基因和通路组以SmartTables的形式存放到个人账户,然后可以共享、分析、转移你账户存储的信息; 代谢通路搜索工具; 运行代谢物分析模型; 比较分析工具具体的介绍可以在以下这篇文章中获得:
简单搜索
我们挑选了BioCyc位于第一层数据库中两个比较常用的数据库进行演示,我们在搜索的过程中并不用进入子数据库网页,在总站右上角进行搜索即可。主要关键词包括以下多种内容:基因,蛋白质,化合物,RNA,反应,途径,操纵子。
如果查询字符串匹配其通用名称或其同义词之一,则将返回一个对象。
一般搜索即在右上角的综合搜索框中输入关键词即可,且支持逻辑字符连接。
除了上述关键字搜索,还可以直接搜索物种(拉丁名)、EC酶号、UniProt数据库编号、GO term也可以进行关联搜索。例如搜索EC酶号 1.2.1.4,也能获得对应的相关的蛋白或者反应方程。
使用下来唯一的问题是部分的PGDB可能要求注册(收费),但是基础信息的获取还是很不错的。
信息量超大,搜就对了
哦对了,主站地址:https://biocyc.org/
- 搜索
-
- 1000℃游族网络:董事长林奇逝世 公司将尽快推举董事长人选
- 1000℃20年来首次!民生银行高管集体增持 重磅信号浮现?招商、中信高管也岀手 机构火线解读
- 1000℃?第二季! 被解散的董事会秘书公开反击,请愿书要求取消董事会决议国信金融控股回应:将积极回应
- 1000℃?“环球银行”行长顾Shu接任周母兵,并将成为四大银行中最年轻的董事长。 高级会计专家如何指导中国农业银行?
- 1000℃?阿里巴巴股票持续下跌
- 1000℃?400亿铅电池领导者天能股份在科技创新局,“永进”,硅谷天堂等明星股东上市
- 1000℃?德意志银行成为北京首家获准托管证券投资基金的外资银行
- 1000℃?顾Shu担任农业银行党委书记,将成为四大银行中最年轻的董事长
- 标签列表
-
- 星座 (702)
- 孩子 (526)
- 恋爱 (505)
- 婴儿车 (390)
- 宝宝 (328)
- 狮子座 (313)
- 金牛座 (313)
- 摩羯座 (302)
- 白羊座 (301)
- 天蝎座 (294)
- 巨蟹座 (289)
- 双子座 (289)
- 处女座 (285)
- 天秤座 (276)
- 双鱼座 (268)
- 婴儿 (265)
- 水瓶座 (260)
- 射手座 (239)
- 不完美妈妈 (173)
- 跳槽那些事儿 (168)
- baby (140)
- 女婴 (132)
- 生肖 (129)
- 女儿 (129)
- 民警 (127)
- 狮子 (105)
- NBA (101)
- 家长 (97)
- 怀孕 (95)
- 儿童 (93)
- 交警 (89)
- 孕妇 (77)
- 儿子 (75)
- Angelababy (74)
- 父母 (74)
- 幼儿园 (73)
- 医院 (69)
- 童车 (66)
- 女子 (60)
- 郑州 (58)